In 2001 start Wijnne Barends een intensieve samenwerking met Spliethoff’s Bevrachtingkantoor in Amsterdam. Twee jaar later wordt Spliethoff de grootste aandeelhouder. Wijnne Barends opereert als zelfstandige eenheid binnen de Spliethoff Groep, die verder gevormd wordt door Spliethoff’s Bevrachtingkantoor, BigLift Shipping (wereldwijd specialist in het vervoeren van zeer zware ladingen over zee), Sevenstar Yacht Transport en Transfennica (RoRO liner services in Noordwest-Europa). Binnen de Spliethoff Groep is Wijnne Barends de Short Sea specialist.

De op- en overslagactiviteiten in en rondom Delfzijl worden verzorgd door Wijnne Barends Logistics (voorheen: Terminal Delfzijl B.V.); een dochteronderneming van Wijnne Barends. Daarnaast werkt het bedrijf ook nauw samen met het Russische Boreal in Euroarctic Shipping & Forwarding B.V. met als doel om van en naar Rusland en het Arctisch gebied klanten van deur tot deur van dienst te kunnen zijn bij het transport en de op- en overslag van goederen.